Depois da morte, em 1592, de D. Brites de Mendonça, última abadessa perpétua (isto é, vitalícia), o Mosteiro passou a ser governado, em conformidade com o estipulado nas Definições da Congregação de Alcobaça promulgadas naquele ano, por abadessas trienais, sendo a primeira a Madre D. Isabel de Mariz (1592-1595), seguida, três anos mais tarde, pela Madre D. Margarida Mendes (1595-1598).
O importante surto de vocações verificado na segunda metade do século XVII obrigou a abadessa D. Maria Henriques de Miranda (1660-1663 e 1669-1672) a lançar uma grande campanha de construção, que passou pela edificação, em 1661, de um novo dormitório, e, a partir de 1669, de uma nova igreja (a actual, com cabeceira virada para poente), completada no tempo recorde de dois anos, em 1671.

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