O Convento de Santa Maria Madalena, sito no lugar dos Capuchos, freguesia de Évora de Alcobaça, concelho de Alcobaça, foi fundado em 1556, por ordem do Cardeal Infante D. Henrique, abade comendatário do Mosteiro de Alcobaça.
Numa antiga quinta do mosteiro, a Quinta de Chiqueda, construiu-se assim um convento que abrigava franciscanos capuchos, integrado na província da Arrábida da Ordem de São Francisco. Estes frades tinham em vista restituir à ordem de São Francisco a primitiva austeridade e rigor. Eram, por isso, pobres e mendicantes.
Ali viveram os frades capuchos até 1834, ano em que Joaquim António de Aguiar, apelidado de Mata-frades, decretou a extinção das ordens religiosas em Portugal.
Na edição nº 1880 de 11 de abril de 1996 d’O ALCOA, foi publicado um texto inédito de Frei Manuel de Figueiredo, cronista-mor da Congregação de Alcobaça, por mão de Gérard Leroux, investigador cisterciense e responsável pelo arquivo histórico da Santa Casa da Misericórdia de Alcobaça durante seis anos, em que, sob o título “Era assim antes de 1834…”, se pode ler que “a Igreja e Capela-Mor, que é de abóbada, tem pequenos corpos, e nesta o Altar-Mor, com o Sacrário e pintura da Padroeira, e, nos colaterais, figuram dois quadros de S. Francisco na impressão das Chagas e a visão da Porciúncula”.
Hoje, o Convento da Madalena é conhecido em Évora de Alcobaça e nas redondezas pela Capela do Senhor dos Aflitos.
Para além da capela, com pequena sacristia e coro, e calçada que lhe dá acesso, todas as restantes dependências do antigo convento são propriedade privada. A povoação e o arraial mantêm no nome a memória dos frades franciscanos: Capuchos.